Фамилия Пуглий — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось за столетия. Её ядро — древнерусское прилагательное «пугливый», то есть боязливый, робкий, пугающийся. В старину такое слово не было оскорблением в современном смысле: прозвища давали по самой заметной черте характера, и Пуглием могли назвать осторожного человека, который первым замечал опасность или не лез в драку. Суффикс -ий в этой модели указывает на прямое притяжательное значение: «чей?» — Пуглий, то есть сын или потомок того, кого прозвали Пуглием.

В русской антропонимии фамилии на -ий, образованные от прилагательных без добавочных суффиксов, встречаются нечасто. Обычно они закрепились в южных и западных регионах, где сильнее было влияние украинской и белорусской традиции. В тех говорах «пуглий» могло звучать и как «полохливый», «лякливий». Поэтому Пуглий — скорее всего, фамилия с украинской или южнорусской почвой, хотя единичные носители встречаются и в центральных областях.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с диалектным словом «пугло» — так в некоторых говорах называли чучело на огороде или пугало. Тогда Пуглий — прозвище человека, который делал пугала, или же насмешливое прозвище долговязого и худого. Эта гипотеза слабее, потому что слово «пугло» локально и не дало массовых фамилий, тогда как «пугливый» как личное прозвище зафиксировано в актах XVII века.

Особенность фамилии — её прозрачность: она сохранила первоначальное ударение на первом слоге (Пу́глий) и не обросла типичными суффиксами -ов или -ин. Это делает её похожей на фамилии-прилагательные вроде Бледный, Косой, Умный, которые в русском языке чаще становились фамилиями у крестьян и казаков, а не у дворянства.