Фамилия Пукаренога — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти в неизменном виде, без типичных фамильных суффиксов. В ней нет окончаний -ов, -ин или -ский, которые переделывают прозвище в притяжательную форму («чей?»). Перед нами чистая субстантивированная форма: прозвище, которое стало фамилией напрямую, как, например, Безруков превратился в Безрука, а Кривошея — в Кривошея. Такая модель встречается редко и обычно указывает на украинское или белорусское происхождение, где фамилии без суффиксов (так называемые «прозвищные» фамилии) гораздо распространённее, чем в великорусских землях.

Основа фамилии составная: «пукаренога» — сложное слово, образованное, скорее всего, от глагола «пукать» (стрелять, хлопать, издавать глухой звук) и существительного «нога». В народных говорах «пукать» имело и переносное значение — «трескаться», «лопаться» (отсюда «пукарь» — трещина, щель). Таким образом, Пукаренога — человек с «пукающей», то есть хромой или больной ногой, которая издаёт характерный звук при ходьбе. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: прозвище могли дать человеку, который при ходьбе громко топает или «стреляет» подошвами.

В ономастике известна фамилия Пукарь (от того же корня) и фамилии с основой «Пук-», которые связывают с пучением, вздутием. Но Пукаренога стоит особняком. Судя по словообразованию, прозвище было насмешливым и описывало физический недостаток или характерную походку. Сословного барьера у таких прозвищ не было: их могли дать и крестьянину, и казаку. Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским регионам, где сложные прозвища типа «Вернигора», «Непийвода» или «Пукаренога» были нормой.

Точных сведений о первых носителях фамилии в исторических документах нет — фамилия крайне редкая. Но её структура говорит сама за себя: предок был человеком с яркой внешней приметой, которую окружающие закрепили в ёмком и нелестном прозвище. Со временем прозвище потеряло обидный оттенок и стало фамилией, под которой живут люди, уже не имеющие никакого отношения к хромоте или громкой походке.