Фамилия Пунтусенко — яркий пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в Украине, изначально означал «маленький», «сын» или «потомок». То есть Пунтусенко — буквально «сын Пунтуса» или «потомок человека по прозвищу Пунтус».

Ключевой элемент здесь — основа «Пунтус». Это не каноническое имя, а, скорее всего, прозвище. Самая вероятная версия связывает его с польским или западноукраинским словом «puntus» или диалектным «пунтус» — так в некоторых регионах называли упитанного, плотного человека, иногда с оттенком значения «упрямец» или «бычок». В польском языке есть слово «pęty» (путы), но для прозвища «Пунтус» более характерна связь с внешностью или характером, чем с ремеслом. Менее вероятна, но возможна связь с немецким диалектным «Punkt» (точка, пункт), которое могло стать прозвищем аккуратного или педантичного человека, но это уже спекуляция без твёрдой почвы.

Географически фамилия Пунтусенко тяготеет к западу Украины, особенно к Волыни, Подолью и Галичине. Именно в этих землях, находившихся под влиянием Речи Посполитой, польские заимствования и диалектизмы легко входили в прозвища. Суффикс -енко окончательно закрепил фамилию за украинской традицией, хотя её основа — межъязыковой гибрид.

Сравните с однокоренными фамилиями: Пунтус (без суффикса, сама основа), Пунтусов (русская или белорусская адаптация с суффиксом -ов), Пунтусюк (другой украинский суффикс). Пунтусенко стоит в этом ряду как «сын Пунтуса», что указывает на то, что прозвище закрепилось за первым носителем ещё до того, как стало передаваться по наследству.

Таким образом, предок носителей этой фамилии, скорее всего, был человеком плотного телосложения или обладал упрямым нравом, за что и получил прозвище Пунтус. Фамилия сформировалась на западноукраинских землях не позднее XVII–XVIII веков, когда модель на -енко стала доминирующей в украинской антропонимии.