Фамилия Пупанов — наглядный пример того, как в русских фамилиях «работает» просторечие. Её основа — слово «пупан», которое в большинстве говоров было разговорным или диалектным вариантом слова «пуп» (пупок). В прямом смысле так могли прозвать человека с заметным, выпирающим животом или с грыжей в области пупка. Однако у слова было и переносное значение: «пупаном» в некоторых регионах называли невысокого, коренастого, «пузатого» человека, а иногда — младшего ребёнка в семье, «пуп земли», то есть любимчика.

Словообразовательная модель здесь типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Пупанов — сын Пупана, то есть потомок человека, носившего такое прозвище. Фамилия могла возникнуть в крестьянской или посадской среде, где прозвища по внешности были обычным делом и не считались обидными. Важно, что «пуп» в древнерусском языке имел ещё одно, ныне забытое значение — «выпуклость, холм», поэтому прозвище могли дать и человеку, жившему на возвышенности.

В этимологических словарях (например, у Фасмера) слово «пуп» связывают с идеей выпуклости, набухания. Родственные фамилии — Пупов, Пупа, Пупышев. Пупанов стоит в том же ряду, но с более «народным», уменьшительно-бытовым суффиксом -ан, который встречается в прозвищах вроде Губанов, Лобанов. Это указывает, что фамилия бытовала в среде, где ценили меткое, простое слово.

Географически фамилия Пупанов не привязана к одному региону, но чаще встречается в центральных и южных областях России, где диалектная форма «пупан» была распространена. В дворянских родословных книгах она не зафиксирована — это однозначно фамилия из простонародья, скорее всего, крестьян или мещан. В некоторых говорах слово «пупан» означало ещё и «узел» или «комок», что могло быть прозвищем плотного, сбитого человека.

Таким образом, Пупанов — фамилия «говорящая», без тайны. Она прямо указывает на внешнюю особенность предка, и её значение лежит на поверхности, если знать диалектные формы. Никаких сложных скандинавских или тюркских корней здесь нет — чисто русская, бытовая антропонимия, сохранившая живую речь прошлого.