Фамилия Пупанова — женская форма фамилии Пупанов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем, от которого она образована. В основе лежит слово «пуп» — не только часть тела, но и в переносном смысле «центр», «середина», «средоточие». В древнерусском языке «пуп» также могло означать возвышенность, холм или даже пуповину, что придаёт прозвищу несколько возможных смыслов.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?» — Пупанов), а окончание -а — на женский род. Фамилия Пупанов, в свою очередь, могла возникнуть от прозвища Пуп, данного человеку по какой-то характерной черте: например, так могли называть коренастого, плотного мужчину с круглым животом, либо того, кто жил на возвышенности («на пупе»). В некоторых говорах «пупан» — это диалектное название пупка, так что прозвище могло относиться к человеку с заметным пупком или даже к ребёнку, родившемуся с крупной пуповиной.

Интересно, что фамилия Пупанов встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. Это указывает на её исконно русское, а не заимствованное происхождение. В отличие от фамилий с суффиксом -ин (типа Пупин), которые тоже встречаются, форма на -ов считается более древней и патронимической — то есть указывающей на отца по имени или прозвищу Пуп.

Менее вероятна, но всё же возможна версия, что основа «пуп» восходит к церковному имени Паппий (греческое «паппас» — отец), но в русской народной среде это имя быстро переосмыслили в более понятное «Пуп». Так что носительница фамилии Пупанова может считать своими предками либо крестьянина с характерной внешностью, либо человека, жившего на видном месте — «пупе земли».