Фамилия Пупец — редкая и неочевидная для носителя русского языка. На первый взгляд она кажется производной от слова «пуп» или «пупок», но здесь есть важный нюанс. В русской ономастике фамилии на -ец обычно образовывались либо от названий местности (реки, города), либо от прозвищ, указывающих на характерный признак человека. В случае с Пупец основа «пуп» скорее всего не анатомическая, а географическая.

Самый вероятный источник фамилии — река Пуп, Пупца или Пупок. Такие названия встречаются в бассейне Днепра и в западных областях бывшей Российской империи (современная Беларусь, Украина, запад России). Человек, живший на берегу такой реки, получал прозвище Пупец — «живущий на реке Пуп». Суффикс -ец в этом случае указывает на происхождение с определённой территории, как, например, в фамилиях Донец (с Дона) или Терец (с Терека). Альтернативная, но менее правдоподобная версия — прозвище Пупец могли дать невысокому, кругленькому человеку, но для такого значения в русских говорах чаще использовали суффиксы -ок (Пупок) или -ыш (Пупыш).

Модель образования фамилии редкая. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев и -ин, фамилии на -ец чаще встречались на юго-западе России, в среде казачества и среди выходцев из Речи Посполитой. Поэтому предки Пупец могли быть запорожскими или донскими казаками, либо крестьянами, переселившимися с запада на новые земли. В сословном смысле фамилия не указывает на дворянство — это скорее прозвищная или топонимическая фамилия простого люда. Письменных упоминаний о известных носителях фамилии в открытых источниках почти нет, что подтверждает её редкость и локальный характер бытования.