Фамилия Пупер — редкий случай в русском ономастиконе, где иноземное происхождение почти не вызывает сомнений. Если отбросить маловероятные версии о связи с древнерусским глаголом «пупить» (надувать, делать выпуклым) или прозвищем Пупа, то основа фамилии — немецкое или еврейское слово «Pupper», что означает «кукла», «марионетка» или «чучело». В немецких диалектах так могли называть либо кукольника (бродячего артиста, мастера по изготовлению кукол), либо человека маленького роста, щуплого телосложения — по аналогии с куклой.

Фамилия образована без типичного русского суффикса -ов/-ев или -ин, что выдает её позднее происхождение или прямой перенос из другой языковой среды. На русской почве она сохранила исходную форму, что характерно для фамилий, вошедших в обиход в XVIII–XIX веках через переселенцев (немцев-колонистов или евреев-ремесленников). В таком виде фамилия встречается в южных и центральных губерниях Российской империи, куда активно приглашали мастеровых из Германии.

В еврейской среде фамилия Пупер могла возникнуть как искусственная, «украшательная» — от идишского «пупе» (кукла) или как вариант фамилии Пумпер (от «пумп» — насос). Но более вероятно, что её носители — потомки немецких кукольников или торговцев игрушками, осевших в России. В отличие от фамилии Пупов (от прозвища Пупа), Пупер не связан с телесной полнотой или пуповиной — здесь иная семантика, ремесленная, а не анатомическая.

В современной России фамилия остаётся крайне редкой. Основной ареал — города, куда в XIX веке переселялись немецкие колонисты: Саратовская, Самарская, Волгоградская области, а также Санкт-Петербург. Проверить версию о кукольном ремесле предков можно по архивным записям о сословии — если в метриках указан «мещанин-ремесленник» или «цеховой мастер игрушечного дела», то этимология подтверждается. Если же фамилия встречается у крестьян, скорее всего, она попала к ним через отходничество или брак с мастеровым.