Фамилия Пупен — редкий случай, когда вопросов больше, чем ответов, а однозначной версии происхождения нет. В русском языке она стоит особняком из-за своего окончания. Подавляющее большинство русских фамилий заканчивается на -ов, -ев, -ин, -ский. Окончание -ен для русской модели нетипично. Это сразу указывает на то, что перед нами, скорее всего, не исконно русская фамилия в привычном смысле, а либо украинская, либо белорусская, либо искусственно оформленная в советское время.

Самая прямая версия отсылает к украинскому или южнорусскому диалектному слову «пуп» (пупок, пуповина) с уменьшительным суффиксом -ен. В украинском языке суффикс -ен (-ень) образует ласкательные имена: «пупень» — маленький пупок, пупочек. Фамилия могла возникнуть как прозвище младшего, любимого ребёнка в семье, «последыша» (по аналогии с «пуп земли» в ироничном смысле). Однако такая модель образования фамилий (основа + -ен без фамильного суффикса) характерна для украинской ономастики, где фамилии вроде Пупен, Бондарен (от бондарь) или Ковален (от коваль) не редкость. В русской традиции такое слово превратилось бы в Пупков или Пупин.

Существует и менее очевидная, но исторически более весомая версия. Фамилия Пупен может быть связана с топонимом — названием села или хутора. На западе Украины и в Беларуси есть несколько небольших населённых пунктов с корнем «Пуп-» (например, Пуповка, Пупино). В таком случае фамилия указывала на выходца из этих мест: «Пупенский» со временем сократился до Пупен, либо человеку давали прозвище по месту жительства. Эта версия объясняет окончание -ен как редуцированную форму от -енский/-енко.

Нельзя полностью исключать и вариант, при котором фамилия Пупен — это русифицированная или сокращённая форма еврейской фамилии. В еврейской ономастике есть фамилия Пумпянский (от местечка Пумпяны), которая в просторечии могла усекаться до Пупен. Однако это лишь гипотеза без документального подтверждения.

Поскольку фамилия редкая, её география бытования узкая. Чаще всего Пупены встречаются на юге России (Краснодарский край, Ростовская область) и в восточных областях Украины — зонах, где столкнулись украинская и русская языковые традиции. Сословная принадлежность носителей фамилии неизвестна: в дореволюционных списках дворян и купцов она не фиксируется, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении.

Таким образом, наиболее вероятно, что фамилия Пупен — украинская по форме, образованная от прозвища «пупень» (малыш, любимчик) или от названия местности, и лишь потом попавшая в русский обиход.