Фамилия Пупенин — редкий случай, когда разбор упирается не в спорное прозвище, а в почти очевидную, но не единственную основу. Первое, что приходит на ум, — связь со словом «пуп» или «пупок». Однако фамилия образована не напрямую, а через суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Пупенин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пупеня. Суффикс -еня в прозвищах (как и в фамилиях Гузеня, Косеня) характерен для северных и центральных русских говоров и придаёт слову уменьшительно-ласкательный или бытовой оттенок. Таким образом, Пупеня — это «маленький пуп», «пупок» или человек с какой-то заметной особенностью, связанной с пупом (например, пупочная грыжа или просто шрам).

Но есть и вторая версия, которую поддерживают некоторые ономасты, опираясь на диалектную лексику. В рязанских и тамбовских говорах «пупеня» (или «пупень») могли называть невысокого, коренастого человека — «пузана» или «коротыша». Слово происходит от того же корня «пуп-» (выпуклость, округлость), но переносит значение с части тела на фигуру в целом. Эта версия правдоподобнее, если учесть, что фамилия нередко встречается именно в чернозёмных областях России, где такое прозвище было бы уместно для крестьянина невысокого роста, плотного сложения.

В любом случае, перед нами чисто русская фамилия, образованная от прозвища, а не от церковного имени. Она не связана с дворянскими родами — её носителями в XIX веке были преимущественно крестьяне и мещане. Географически Пупенины чаще всего фиксируются в Рязанской, Тамбовской и Пензенской губерниях, что косвенно подтверждает диалектную природу прозвища. Встречается и вариант с ударением на второй слог — Пупéнин, хотя литературная норма допускает оба ударения.

Интересная деталь: фамилия Пупенин — одна из тех, что избежала «огородной» иронии. В отличие от фамилий вроде Пупов или Пупков, её форма на -енин звучит более архаично и не вызывает прямых ассоциаций с анатомией. Возможно, именно благодаря редкому суффиксу она сохранилась в относительно небольшом числе носителей (около 2–3 тысяч человек по России), не став объектом массового переименования.