Фамилия Пупейко — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило почти первозданный звуковой облик. В отличие от тысяч фамилий, где исходное слово приросло стандартным суффиксом -ов или -ин, Пупейко держится за украинско-белорусскую модель с суффиксом -ейко (-ейк-о). Этот суффикс характерен для западнорусских земель: в современной Беларуси, на Смоленщине, в Брянской области. Он придаёт фамилии оттенок уменьшительности или принадлежности, как в фамилиях Андрейко, Матвейко, Демейко. Пупейко — это буквально «маленький Пуп» или «сын Пупа».

Корень здесь — прозвище Пуп. В русских говорах «пуп» имело несколько значений, и все они могли стать источником фамилии. Самое прямое — пупок, пуповина, откуда прозвище могли дать младшему ребёнку, позднему или болезненному, как бы «пупочному». В переносном смысле «пуп» означало центр, середину чего-либо — так могли назвать человека, который считал себя главным, «пупом земли», либо того, кто жил в центре села. Наконец, в диалектах «пуп» — это холмик, бугорок, курган. Прозвище могло достаться человеку с заметной выпуклостью на теле или по месту жительства на возвышенности.

Спор о происхождении здесь минимален: версия с прозвищем Пуп и суффиксом -ейко — самая прямая и надёжная. Альтернативные гипотезы, вроде отсылки к латинскому «pupa» (кукла) или к церковному имени Павел, выглядят натяжкой — для них нет ни фонетической, ни географической опоры.

Социальный состав носителей фамилии Пупейко — это, скорее всего, крестьяне или мещане из западных губерний Российской империи. Фамилии на -ейко редко встречались у дворянства; это маркер простонародного происхождения, часто из среды ремесленников или земледельцев. Встречаемость фамилии невысокая, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите фамилию Пупейко, ваши корни с большой вероятностью уходят в белорусское или западнорусское Полесье.

Однокоренные фамилии — Пупов, Пупин, Пупков — распространены шире, но Пупейко стоит особняком благодаря своему уменьшительно-притяжательному суффиксу. Эта фамилия — не про «большого и главного», а про «маленького, своего, родного».