Фамилия Папейко с высокой долей вероятности — фонетический вариант фамилии Попейко. Такое изменение произошло под влиянием «окающих» говоров, где безударная «о» звучит отчётливо и может заменить «а» или наоборот, закрепиться в письменной форме. В основе обеих фамилий лежит прозвище Поп, которое напрямую связано с нарицательным словом «поп» — православный священник. От этого прозвища при помощи суффиксов «-ей» и «-ко» и образовали фамилию.

Менее вероятная версия возводит основу к мирскому имени Поп. Такие имена, не связанные с церковным календарём, в старину давали детям для защиты от сглаза или просто по народной традиции. Однако в данном случае прозвищная версия выглядит убедительнее: суффикс «-ей» в сочетании с «-ко» чаще указывает на прозвище, закрепившееся за человеком по его роду занятий или поведению, чем на личное имя.

Модель образования здесь типична для западнорусских и украинских земель. Суффикс «-ко» — один из самых распространённых в белорусской, украинской и южнорусской антропонимии. Он придавал фамилии оттенок уменьшительности или принадлежности, а в сочетании с «-ей» создавал форму, которая буквально означала «сын попа» или «относящийся к попу». Со временем эта форма утратила буквальный смысл и превратилась в родовое имя.

Интересно, что написание «Папейко» вместо «Попейко» встречается реже и обычно фиксирует местное произношение. В документах XIX века, когда фамилии активно закреплялись за крестьянскими и мещанскими семьями, писарь часто записывал фамилию на слух, поэтому «о» и «а» в безударной позиции могли легко меняться местами. Это объясняет, почему в одной семье братья иногда получали разные написания одной и той же фамилии.

Носители фамилии Папейко, как и Попейко, вероятнее всего, происходят из среды духовенства или из семей, где кто-то из предков служил в церкви. Впрочем, прозвище Поп могли дать и мирянину — например, за важный вид, длинную бороду или строгий нрав. Без дополнительных генеалогических данных точную причину возникновения прозвища установить сложно, но церковная версия остаётся основной.

В современном употреблении фамилия Папейко встречается преимущественно на территории Беларуси, в западных областях России и на Украине. Это ещё раз подтверждает её происхождение из региона, где «окающие» говоры соседствовали с украинской и белорусской традицией образования фамилий на «-ко».