Фамилия Пупковец — один из тех редких случаев, когда суффикс сразу выдаёт географию и социальную историю. Формант «-ец» в русских фамилиях встречается нечасто и почти всегда указывает на выходца из определённой местности: «москвич» — москвитянин, «туляк» — туляк, но с суффиксом «-ец» образовывали названия жителей небольших сёл и местечек. Пупковец — это буквально «человек из Пупкова» или «потомок того, кто родом из Пупкова». То есть фамилия не просто прозвищная, а топонимическая: предок носителя либо переехал из деревни с названием Пупково, либо получил прозвище по месту прежнего жительства.

Сама основа «пупок» в русских говорах многозначна. Помимо прямого анатомического смысла, в диалектах это мог быть «бугорок», «холмик», «возвышенность» — отсюда и названия деревень на возвышенных местах. В ономастике известна фамилия Пупков (от прозвища Пупок), которая встречается гораздо чаще. Пупковец — её производная, но с другим суффиксом, что говорит о другом механизме образования: не от личного прозвища, а от названия селения.

Самый вероятный сценарий: существовала или существует деревня Пупково (такие есть в Псковской, Тверской, Смоленской областях). Крестьянин, переселившийся из неё в другое место, получал в документах запись «Пупковец» — то есть «выходец из Пупкова». В условиях XVIII–XIX веков, когда закрепились фамилии у бывших крепостных, такая модель была типична для западнорусских и белорусских губерний. Суффикс «-ец» активно использовали в польской и украинской ономастике, поэтому не исключено, что фамилия имеет западнорусские или малороссийские корни.

Сословно Пупковцы, скорее всего, крестьяне или однодворцы. В дворянских родах такая модель образования почти не встречается. Фамилия редкая: в современных базах данных её носителей насчитывается не более нескольких сотен человек, основная масса — в России и Беларуси. Написание устойчивое, без вариантов вроде Пупкавец или Пупковець, что говорит о поздней фиксации в документах уже после унификации орфографии.