Фамилия Пупунин — редкий случай, когда основа прозвища звучит почти по-детски, но имеет взрослое, бытовое происхождение. Корень здесь — «пупа» или «пуп», но не в анатомическом смысле, а в переносном, диалектном. В русских говорах «пупой» могли называть невысокого, полного человека, «пузанка», а также — реже — упрямца, который «упёрся как пуп». Слово «пупуня» (с удвоением корня) — это уже ласкательная или пренебрежительная форма, вроде «пупсик», но в XIX веке так могли окрестить ребёнка или взрослого с заметной округлой фигурой.

Суффикс -ин указывает на типичную притяжательную модель: Пупунин — сын Пупуни. То есть в основе фамилии лежит не имя, а прозвище главы семьи. Модель «прозвище + -ин» характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как и на -ов. В южных регионах и на Украине скорее встретился бы вариант Пупунов, но Пупунин закрепился именно в великорусской среде.

Географически фамилия крайне редкая. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, Пупунины встречаются точечно: несколько семей в Пермском крае, на Урале и в Кировской области. Это косвенно подтверждает, что прозвище было местным, возможно, связанным с каким-то конкретным родом или деревней. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая, скорее всего, в XVIII–XIX веках.

Интересная деталь: несмотря на «смешное» звучание для современного уха, прозвище Пупуня не было обидным. В крестьянском быту телесные особенности редко воспринимались как оскорбление — скорее как меткая характеристика. Поэтому предки носителей фамилии были, вероятно, людьми плотного телосложения или теми, кого в семье ласково дразнили «пупунчиком».

Других версий — например, связи с тюркскими корнями или с названием растения — ономастика не предлагает. Фамилия остаётся чисто русской, образованной от бытового прозвища, и в этом её ценность: она сохранила живую народную речь, почти исчезнувшую из обихода.