Фамилия Папунин — яркий пример того, как личное имя или прозвище отца превратилось в наследственное родовое имя. Её основа — имя Папуня, которое в русской народной традиции было уменьшительно-ласкательной формой от Павел (Павел → Пава → Папуня). Такая цепочка характерна для диалектов, где «у» в суффиксе придавало имени оттенок нежности или фамильярности. Реже Папуней могли назвать и человека с другим корнем — например, от прозвища Папуля (от «папа»), но эта версия менее убедительна: в ономастике за основу чаще берут канонические имена.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Папунин буквально значит «сын Папуни». Такая модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин распространены шире, чем на юге. В старых документах можно встретить варианты написания — Папунинъ, а также Папунинов (с двойным суффиксом), но последний редок. Географически фамилия встречается в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — регионах, где хорошо сохранились архаичные формы имён.

Любопытно, что у фамилии есть «двойник» — Папулин, образованный от той же основы, но с другим суффиксом. Если Папунин — это «чей?» (сын Папуни), то Папулин — «чья?» (жена или вдова Папули). Такое различие в словообразовании встречается нечасто и говорит о том, что фамилия не была массовой и складывалась в отдельных локальных группах.

Сословная принадлежность носителей фамилии не зафиксирована в обобщённых источниках, но по модели образования и географии можно предположить, что предки Папуниных были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не попала в списки дворянских родов, что косвенно подтверждает её простонародное происхождение.

Коротко: Папунин — патроним от народной формы имени Павел. Фамилия редкая, с прозрачной этимологией и северорусским следом.