Фамилия Папуниди — одна из тех, что сразу выдают греческое происхождение носителя. Её выдают характерные суффиксы -иди и -ади, которые в греческом языке образуют отчества или указывают на принадлежность к роду. В данном случае основа — Папун (Παπούνης) или Папу (Πάππος), что означает «дед» или «старик». В греческой ономастике это распространённый корень, от которого пошли фамилии вроде Пападопулос, Папазоглу и, конечно, Папунакис. Папуниди буквально переводится как «потомок Папуна», то есть «внук» или «маленький дед» — в переносном смысле так могли назвать уважаемого старшего в семье или, наоборот, ребёнка, похожего на деда.

Фамилия Папуниди — типичная для понтийских греков, которые после геноцида 1915–1923 годов переселились из Малой Азии и Причерноморья в Грецию, а затем часть эмигрировала в СССР. В России и на постсоветском пространстве фамилия встречается в Краснодарском крае, Ставрополье, Ростовской области — там, где формировались греческие диаспоры. Интересно, что в греческом языке фамилия пишется с двумя «п» (Παπουνίδης), а в русской записи ударение чаще падает на последний слог — Папуниди́, хотя по правилам греческого ударение было бы на предпоследний.

Если копать глубже, то суффикс -иди — это северогреческий вариант, южногреческий дал бы -опулос. Поэтому Папуниди — маркер не просто греческого, а именно понтийского или малоазийского корня. Встречаются варианты с одной «п» (Папуниди) — это результат упрощения при записи кириллицей, но исходная форма с удвоенной. Носители фамилии, скорее всего, потомки крестьян, ремесленников или торговцев из причерноморских сёл, где фамилию закрепили в конце XIX века при массовой фиксации имён. Никакого дворянского сословия или знаменитых исторических личностей за ней не числится — это фамилия простого человека, но с чёткой географической и этнической привязкой.