Фамилия Папунов принадлежит к числу русских фамилий, образованных от неканонического имени или прозвища. В ее основе лежит слово «папун» — так в старых русских говорах могли называть священника, попа, либо же дать шутливое прозвище человеку, который отличался набожностью, носил длинные волосы или бороду, напоминая сельского батюшку. Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: Папунов — сын Папуна, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Слово «папун» — это диалектная форма от «поп» с характерным для северных и сибирских говоров суффиксом -ун. Подобные прозвища давали не столько по профессии (поп — это сан), сколько по внешнему сходству или поведению: «папуном» могли окрестить благочестивого крестьянина, который часто ходил в церковь или читал молитвы. В некоторых случаях прозвище закреплялось за сыном или внуком священника, который сам не пошел по духовной линии, но сохранил родовое именование.

Интересно, что фамилия Папунов встречается преимущественно в северных и центральных областях России — в Архангельской, Вологодской, Костромской губерниях, а также на Урале. Это совпадает с ареалом бытования слова «папун» в значении «поп». В южных говорах такая форма почти не фиксируется, что делает фамилию маркером определенного диалектного региона.

Фамилия не относится к числу дворянских или старинных боярских родов. Папуновы — это в основном крестьянский и мещанский род, что подтверждается переписными книгами XVII–XVIII веков, где упоминаются крестьяне Папуновы в вотчинах северных монастырей. В официальных документах фамилия могла записываться через «а» — Папанов, но это уже другая ветвь, образованная от имени Папа (уменьшительное от Павел или Пафнутий).