Фамилия Папуня — редкий пример, где основа и суффикс одинаково важны для понимания. В русских фамилиях суффикс -я встречается нечасто, он характерен скорее для украинской или белорусской традиции, где передаёт ласкательный или уменьшительный оттенок. Сама основа «Пап-» почти наверняка восходит к слову «папа» — не в современном бытовом значении «отец», а в старом диалектном или детском: так могли называть отца, деда или просто старшего мужчину в семье. Следовательно, Папуня — это ласковое прозвище, которое дали либо самому отцу (по принципу «отцов сын»), либо человеку, похожему на отца поведением или внешностью.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но лингвистически допустимая: основа могла быть заимствована из тюркских языков, где «папа» или «баба» означает «дед», «старик» или даже «предок». В таком случае прозвище Папуня могло принадлежать уважаемому пожилому человеку, главе рода. Однако для этой гипотезы нет убедительных исторических свидетельств, и она уступает первой по простоте и распространённости модели.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где суффикс -уня (-уня) встречается в прозвищах и фамилиях чаще, чем в северных говорах. Например, параллели можно увидеть в фамилиях Дядюня, Тетюня, Мамуня — все они образованы от родственных терминов и несут оттенок теплоты или семейной близости. В официальных документах XIX века такая фамилия могла закрепиться за крестьянином или мещанином, которого в деревне знали именно по этому домашнему прозвищу.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: она не получила патронимического суффикса -ов/-ев, а осталась в форме чистого прозвища. Это указывает на то, что её носитель, скорее всего, не был приписан к высшим сословиям, где фамилии стандартизировали по модели «Иван — Иванов». Папуня — фамилия, которая сохранила живой говор предков, и её разгадка лежит не в далёкой древности, а в повседневном языке семьи.