Фамилия Папуев — редкий пример, где суффикс -ев скрывает нестандартную основу. В русских фамилиях -ев обычно присоединяется к основе на мягкий согласный или -й (Иванов — от Иван, но Андреев — от Андрей). Здесь же основа «Папу» — твёрдая, и по правилам должна была дать фамилию Папунов (как Попов — от поп). Но этого не случилось, и значит, перед нами не стандартное отчество от крестильного имени, а нечто иное.

Скорее всего, Папуев — патроним, образованный от прозвища Папуй. В русских говорах «папуй» или «папуйка» — уменьшительно-ласкательное обращение к отцу, почти то же, что «папка», «тятя». Такое прозвище могли дать человеку, который был очень похож на отца, либо тому, кто постоянно поминал отца в речи, а может, и сыну, которого воспитывал один отец. Форма Папуев тогда означает «сын Папуя» — то есть «сын того, кого звали Папуем».

Вторая версия, менее вероятная, но не отбрасываемая: фамилия могла возникнуть от канонического имени Паппий, которое через народную форму Папуй дало ту же модель. Однако имя Паппий в святцах встречается редко, и в русской среде оно не прижилось.

Географически фамилия Папуев встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда. Известны носители в Вологодской области и на Урале, что указывает на возможное севернорусское происхождение: именно в северных говорах сохранялись архаичные формы вроде «папуй». В сословном плане предки Папуевых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилия не содержит дворянских суффиксов (‑ский, ‑инов) и не отсылает к служилому сословию.

Таким образом, фамилия Папуев — живое свидетельство того, как в русской ономастике ласковое домашнее слово стало официальным родовым именем, обойдя стандартные грамматические правила.