Фамилия Папуева — женская форма фамилии Папуев, и её происхождение стоит разбирать через мужской вариант. На первый взгляд основа «Папу-» вызывает ассоциации с детским словом «папа», но это ложный след: в русских фамилиях суффикс -уев встречается редко и указывает на тюркское или финно-угорское влияние. Чаще всего такие фамилии образовывали от личных имён или прозвищ, оканчивающихся на -уй (например, Батуй, Мамуй), а затем добавляли стандартный русский суффикс -ев.

Самая вероятная версия: Папуев происходит от тюркского имени или прозвища Папуй. В тюркских языках корень «пап» (или «баб») может означать «дед», «старейшина», «предок». Соответственно, Папуй — это уважительное прозвище для пожилого или мудрого человека. Фамилия на -уев типична для южных регионов России, Поволжья и Предкавказья, где веками жили рядом русские, татары, башкиры, чуваши. Носители фамилии Папуев (и Папуева) часто встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — это косвенно подтверждает тюркскую этимологию.

Менее распространённая версия — связь с церковным именем Паппий (греч. «отеческий»), но тогда фамилия звучала бы как Паппиев или Папьев. Форма Папуев с гласной -у- в корне явно не из греческого, а из местного разговорного языка. Поэтому тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Словообразовательная модель проста: основа Папуй + суффикс -ев (притяжательный, «чей?» — сын Папуя). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или казачья, что подтверждается её региональным бытованием. Встречается она нечасто, но устойчиво — это не случайная описка, а сложившийся родовой знак, который нёс информацию о предке-старейшине в многонациональной среде.