Фамилия Папунова — женская форма фамилии Папунов, и её происхождение упирается в два возможных корня, каждый из которых по-своему проливает свет на то, кем мог быть предок. Основа фамилии — «Папун» или «Папуня». Это могло быть прозвище, образованное от диалектного слова «папа» (отец, батюшка) с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ун. В таком случае Папуном называли любимого или балованного сына, «папенькиного сынка», либо, наоборот, человека, который слишком часто поминал отца. Суффикс -ун в русских прозвищах нередко давал ироничный или бытовой оттенок, как, например, в словах «говорун» или «плаксун».

Вторая версия, не менее правдоподобная, связывает фамилию с церковным именем Пафнутий, которое в народной речи сокращали до Папуня или Папун. Имя Пафнутий (греческого происхождения, означающее «принадлежащий Богу») было распространено среди духовенства, но встречалось и в крестьянской среде. Притяжательный суффикс -ов в мужской форме Папунов указывает на то, что предка звали Папун — то есть либо по прозвищу, либо по имени, которое в быту звучало именно так. Фамилия не аристократическая, а скорее крестьянская или мещанская, что типично для фамилий, образованных от уменьшительных форм имён или прозвищ.

Географически фамилия Папунова встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также в Поволжье. В дореволюционных переписях и метрических книгах Папуновы фиксировались, например, в Тамбовской и Рязанской губерниях. Это не редкая, но и не массовая фамилия — её носители не были широко известны в истории, что говорит о её «народном» происхождении. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был либо крестьянином, либо мелким ремесленником, а прозвище или имя Папун передалось по наследству как родовое имя.

Кстати, в написании фамилии есть одна особенность: ударение в большинстве случаев падает на второй слог — Папу́нова, что отличает её от фамилий с корнем «папа» (например, Папин), где ударение на первый слог. Это дополнительно подтверждает, что основа «Папун» была самостоятельным словом, а не просто игрой с суффиксами.