Фамилия Путоракин — редкий случай, когда географическое название проросло в фамилию напрямую, минуя прозвище или имя. В основе лежит топоним Путорака или Путораки. Так называется река в Красноярском крае (правый приток Енисея), и это же имя носит посёлок на её берегу. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем оттуда — переселенцем, который получил прозвище по месту прежнего жительства: «путоракский» или «путоракин». В русской традиции такие прозвания часто закреплялись за целым родом, переходя в фамилию.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Путоракин, то есть сын или потомок Путораки). Это типичный патронимический суффикс, но в данном случае он прирос не к личному имени, а к прозвищу от названия местности. Географическая привязка — Сибирь, Енисейский регион, что сразу сужает круг возможного происхождения: фамилия, скорее всего, оформилась в среде старожилов или переселенцев XVII–XVIII веков, осваивавших Восточную Сибирь.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «путорак» — так в некоторых говорах называли мелкого зверька (возможно, суслика или хомяка). В этом случае фамилия могла возникнуть из прозвища по внешности или повадкам, но убедительных лингвистических подтверждений этому нет. Словари русских говоров фиксируют «путорак» в значении «грызун» лишь спорадически, а топонимическая версия выглядит куда весомее — река Путорака известна с XVII века и упоминается в документах Енисейского острога.

Фамилия Путоракин не входит в число распространённых. Она не встречается в классических справочниках Б. Унбегауна или В. Никонова — вероятно, из-за локального бытования. Носители её редки, и большинство из них, по данным открытых генеалогических баз, действительно имеют корни в Сибири, преимущественно в Красноярском крае и Томской области. Это не фамилия дворянского сословия или духовенства, а типичная крестьянская или казачья фамилия, образованная от «малой родины» предка.