Фамилия Пынникова — это женская форма фамилии Пынников, и её происхождение уходит корнями в прозвище или диалектное слово. В основе фамилии лежит слово «пынник», которое имеет два основных объяснения. Первое и наиболее вероятное: в южнорусских и украинских говорах «пынником» называли человека, любящего выпить, пьяницу. Слово происходит от «пыть» — пить, и суффикс -ник указывает на деятеля. Второе, более редкое значение: «пынник» могло быть местным названием для человека, живущего у пня, или того, кто занимался корчеванием пней. Суффикс -ов в мужской форме (Пынников) типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или названий профессий, и означает принадлежность: «сын Пынника».

Фамилия Пынникова встречается редко, что говорит о её узколокальном происхождении. По данным современных баз, наибольшая концентрация носителей фамилии зафиксирована в Белгородской и Воронежской областях, а также в некоторых районах Украины. Это подтверждает южнорусскую диалектную основу. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён (например, Иванов), Пынникова — яркий пример «мирской» фамилии, возникшей из бытового прозвища. Предок носительницы фамилии мог быть либо человеком с соответствующим характером, либо, если верить второй версии, крестьянином, занятым расчисткой земли от леса.

Словообразовательная модель проста: корень «пын-», суффикс прозвища «-ник» и фамильный суффикс «-ов». Фамилия не имеет отношения к дворянским родам или известным историческим личностям — она полностью народная, крестьянская. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия фиксировалась в основном среди однодворцев и государственных крестьян южных губерний. Есть вероятность, что в некоторых говорах «пынник» могло означать и «задиру», «драчуна», что добавляет ещё один оттенок к значению прозвища.