Пыников — фамилия, которая с большой вероятностью образована от прозвища Пыник. В русских говорах, особенно в северных и уральских, «пыник» — это либо плетёный короб, кузовок, либо деталь ткацкого станка. Человек, получивший такое прозвище, мог быть корзинщиком, торговать плетёными изделиями или работать ткачом. Модель образования простая: основа Пыник + типичный русский суффикс принадлежности -ов, который даёт ответ на вопрос «чей?» — то есть сын Пыника.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «пынить»: так в некоторых областях говорят «надуваться», «чваниться» или, наоборот, «капризничать». В этом случае прозвище Пыник могло закрепиться за обидчивым или упрямым человеком. Эта гипотеза слабее, потому что в русской ономастике прозвища от названий предметов быта встречаются гораздо чаще, чем от редких глагольных форм.

Особенность фамилии — её редкость и локальный характер. Пыниковы встречаются в основном на Русском Севере (Архангельская, Вологодская области) и в Приуралье, что хорошо совпадает с ареалом слова «пыник» в значении «короб». Фамилия не попала в списки дворянских родов и не упоминается в массовых дореволюционных справочниках, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. С точки зрения словообразования, она стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Корзинкин, Лукошкин или Кузовков — все они названы по предмету, с которым был связан предок.