Фамилия Рафальонт — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует обращения к польскому и белорусскому языковому фону. Основа фамилии — имя Рафаил (в просторечии Рафал, Рафаль), которое восходит к древнееврейскому רפאל (Рефаэль) — «исцелил Бог». В христианской традиции это имя архангела, целителя и путеводителя. Форма Рафальонт образована по польско-белорусской модели с суффиксом -онт (в польской орфографии -ąt, -ont). Этот суффикс характерен для уменьшительно-ласкательных или патронимических производных: от Рафаль — Рафальонт, то есть «маленький Рафал» или «сын Рафаля». Аналогичный способ словообразования видим в фамилиях Матеёнок, Касперович, где суффикс прирастает к основе имени.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой — современной Польше, Западной Беларуси и Литве. В русских документах XIX века такие фамилии часто записывали на слух, отсюда возможны варианты: Рафалёнок, Рафаленко, Рафальчук. Форма Рафальонт сохранила более архаичное окончание, которое в польском языке может читаться как «Рафальонт» (с твёрдым «т»), а в белорусском — как «Рафалёнт» (с мягким). Судя по окончанию, фамилия не подверглась русификации — не получила суффикс -ов или -ин, что указывает на её позднее закрепление в среде мелкой шляхты или крестьянства западных губерний, где польский и белорусский языки были в ходу до XX века.

Носитель такой фамилии в Российской империи мог быть католиком или униатом, выходцем из крестьян или обедневшей шляхты. В документах переписей фамилия почти не встречается — это говорит о её крайней локальности. Если искать параллели, то фамилия Рафальонт стоит в одном ряду с такими же редкими формами, как Матеёнт, Касперонт, где суффикс -онт выполнял роль уменьшительного или отчественного показателя, но не стал продуктивным в массовой антропонимии. В современной Польше фамилия Rafałont (или Rafalont) практически исчезла, уступив место более распространённым Рафальскому, Рафаловичу. Таким образом, Рафальонт — не столько фамилия, сколько застывшая форма прозвища или отчества, сохранившая память о том, как в деревнях запада называли сына Рафаила.