Фамилия Рафальский восходит к библейскому имени Рафаил, которое образовано от еврейского «rafa» — «врач, целитель» и в переводе на русский язык означает «Господь исцеляет» или «Господь исцелил». В основе фамилии лежит одна из форм этого имени — Рафаль. Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит прозвище, которое получил выходец из испанского города Рафаль. В таком случае основателем рода Рафальских стал сефард (испанский еврей).