Фамилия Рафалёва — женская форма от Рафалёв, и её разбор стоит начать с редко встречающегося суффикса. В русских фамилиях стандартными патронимическими суффиксами были -ов/-ев и -ин. Суффикс -ёв — вариант -ев, который появляется в написании после шипящих или мягких согласных, а также под ударением. Однако в фамилии Рафалёв ударение, скорее всего, падает на последний слог (Рафалёв), и суффикс -ёв здесь не просто орфографический, а указывает на произношение: фамилия происходит от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный.

Основа — «Рафал» — напрямую отсылает к крестильному имени Рафаил. Имя это древнееврейского происхождения, означает «Бог исцелил». В русском обиходе имя Рафаил встречалось преимущественно в среде духовенства и образованных слоёв, а также у старообрядцев. В народной речи имя могло упроститься до Рафал, Рафай, Рафка. Отсюда и фамилия: сына Рафала называли Рафалёв, то есть «Рафалов сын», а его жену или дочь — Рафалёва.

Географически фамилия Рафалёв (и Рафалёва) тяготеет к южнорусским и украинским регионам, а также к Беларуси. В центральных великорусских губерниях чаще встречалась бы форма Рафаилов, с полным церковным звучанием. Суффикс -ёв в сочетании с упрощённой основой — признак того, что фамилия складывалась в живой речи, а не в канцелярии.

Если сравнивать с однокоренными, то Рафаилов — более книжный вариант, Рафальский — польский или украинский, с дворянским оттенком. Рафалёв же — самая простая и логичная форма: отчество, закреплённое за целым родом. Встречается написание через «е» — Рафалева, но это уже результат упрощения на письме, когда безударный «ё» заменяют на «е». Носительницы фамилии Рафалёва могут с равной вероятностью происходить из крестьянской или мещанской среды, где имя Рафаил не было редкостью, особенно в среде верующих.

Таким образом, фамилия Рафалёва — это женский вариант отчества от имени Рафал (Рафаил), образованный по продуктивной русской модели с суффиксом -ёв. Никакой тайны или спорных версий здесь нет: корень ясен, суффикс типичен, а региональная привязка указывает на запад или юг русских земель.