Фамилия Рахилькин — один из тех случаев, когда еврейское происхождение почти не вызывает споров, но механизм её образования не так очевиден, как кажется на первый взгляд. В основе лежит женское личное имя Рахиль — русская адаптация библейского имени Рахиль (в синодальном переводе Библии — Рахиль, жена праотца Иакова). На иврите это имя означает «овца», что в библейской символике ассоциировалось с кротостью и чистотой.

Главная особенность здесь — суффикс -кин. В русских фамилиях этот суффикс обычно указывает на принадлежность женщине: «чей?» — матери, жене или вдове. Но в еврейской ономастике, особенно в черте оседлости, была распространена модель, когда фамилию давали по имени матери, если она была главой семьи или если отец умер рано. Однако есть и более прозаичное объяснение: в документах XIX века, при записи фамилий, чиновники часто путали мужские и женские окончания, и вместо ожидаемого Рахильев (от отчества Рахильевич) могли записать Рахилькин по аналогии с русскими фамилиями на -ин.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи — территориям современной Беларуси, Украины и Литвы. В этих местах имя Рахиль было особенно популярно среди еврейского населения, и фамилии от женских имён встречались чаще, чем в центральной России. Встречаются и варианты написания: Рахильков, Рахилевич, но Рахилькин — самый частый.

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксировалась с конца XVIII — начала XIX века, когда еврейское население обязали иметь постоянные фамилии. Значение для носителя простое: «потомок Рахили». В отличие от многих русских фамилий, где корень теряет связь с исходным словом, здесь эта связь прямая и прозрачная.