Фамилия Рахковская — женская форма фамилии Рахковский, и её происхождение стоит искать не в личном имени, а в географическом названии. Модель на -ский/-цкий в русских фамилиях чаще всего указывает на связь с местностью: такую фамилию получал либо помещик по названию своего имения, либо выходец из села или города, оканчивающегося на -ск, -цк или -скo.

Основа «Рахков-» восходит к топониму Рахково. Таких названий в исторической России несколько: село Рахково в бывшей Смоленской губернии, деревни с тем же именем в Тверской и Витебской губерниях. Само название Рахково, скорее всего, образовано от прозвищного имени Рах (или Рахко) — сокращённой формы от Рахманин или Рахман, что в старину означало «добрый, ласковый, смирный человек» (из тюркского «рахман» — милостивый). Встречается и версия, что Рах — это народная форма имени Варфоломей (через разговорное Рахоломей), но это менее вероятно для топонима.

Таким образом, первый носитель фамилии Рахковский — это либо дворянин, владевший сельцом Рахково, либо его крепостной, которого записали по месту жительства после отмены крепостного права. Второй вариант типичен для северо-западных губерний (Смоленщина, Беларусь), где фамилии на -ский встречались у крестьян чаще, чем в центральной России. В духовном сословии такие фамилии тоже давали по названию прихода, но храма с именем Рахково не зафиксировано.

Фамилия редкая и компактная: в современных базах она встречается точечно, без выраженного ареала, что подтверждает её происхождение от одного или двух конкретных селений.