Фамилия Рахмахунов — редкий случай, когда в основе лежит арабское имя, но русская фамилия образована по тюркской модели. Разберёмся по порядку.

Вероятнее всего, фамилия происходит от мужского имени Рахматулла (араб. «милость Аллаха»), которое в бытовой речи у татар, башкир и других тюркских народов сократилось до формы Рахмахун. Усечение длинных арабских имён — обычное дело в повседневном общении: так Рахматулла превращается в Рахмаха или Рахмакула, а далее — в Рахмахун. К основе Рахмахун добавили русский патронимический суффикс -ов, характерный для фамилий тюркского происхождения (ср. Абдуллов, Насыров). Таким образом, Рахмахунов буквально означает «потомок Рахмахуна», то есть того, кого в быту звали сокращённым вариантом имени Рахматулла.

Важная деталь: суффикс -ун в середине фамилии (Рахмах-ун-ов) — не русский, а тюркский. В тюркских языках он может придавать имени ласкательный или уменьшительный оттенок. То есть Рахмахун — это не просто «Рахмат», а «Рахматушка», «миленький Рахмат». Такая форма говорит о том, что предок носителя фамилии был человеком уважаемым или любимым в своей среде, раз его имя закрепилось в ласкательном варианте.

Основной ареал фамилии — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и у казахов (как Рахмахунов или Рахмахулы), но там суффикс -ов добавлялся уже в советское время при паспортизации. В русском контексте фамилия однозначно указывает на татарские или башкирские корни предка, который носил имя Рахматулла.

Других версий, например, от слова «рахма» (милость) без дальнейшей конкретики, или от гипотетического прозвища Рахмахун, не связанного с именем, — нет. Связь с арабским именем Рахматулла через усечение и тюркский суффикс — единственное логичное объяснение, подтверждаемое типовыми моделями тюрко-татарских фамилий.