Фамилия Рапатюк образована по характерной для западных регионов модели: суффикс -юк указывает на принадлежность к кому-то (буквально «маленький» или «сын»). В украинской, белорусской и польской ономастике такие фамилии на -ук/-юк особенно распространены на Волыни, Подолье, в Галиции и на юго-востоке современной Польши. Основа здесь — личное имя или прозвище Рапат, которое само по себе требует разъяснения.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Рапат, связанное с диалектным глаголом «рапати» — в некоторых говорах украинского и белорусского языков это слово означало «бормотать», «говорить невнятно» или «ворчать». Человек, которого прозвали Рапатом, мог обладать неразборчивой речью или иметь привычку постоянно что-то бурчать под нос. Версия с корнем «рап-» (от «раптом» — внезапно, неожиданно) менее вероятна, так как наречие редко становится основой устойчивого прозвища.

В польских источниках встречается фамилия Rapacz с похожей семантикой (от «rapać» — стучать, колотить, а также говорить резко). Не исключено, что Рапатюк — украинизированный вариант польского Rapaciuk, где произошла замена шипящего на взрывной «т». Такие переходы характерны для пограничных территорий, где смешивались языковые традиции.

Социально предки Рапатюков, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию. Фамилии на -юк в массе своей недворянские и фиксируются в метрических книгах православных и греко-католических церквей Западной Украины и юга Беларуси начиная с XVIII века. Точных упоминаний о дворянских гербах или знатных родах с этой фамилией нет — перед нами типичная «патронимическая» фамилия, которая закреплялась за семьёй через имя или прозвище отца.