Фамилия Руденус — редкая и звучит необычно для русского уха. Её главная особенность в том, что она почти наверняка не исконно русская, а латинизированная. В русской ономастике суффикс -ус встречается в фамилиях, которые возникли в среде духовенства, особенно в юго-западных губерниях Российской империи (на территории современной Украины и Беларуси). Семинаристы нередко переделывали свои обычные фамилии на латинский манер, добавляя окончание -ус, -иус или -овиус, чтобы придать им более «учёный» вид. Руденус, скорее всего, образован от распространённой украинской или польской фамилии Руденко, Рудень или Рудный.

Основа здесь — корень «руд-», который восходит к слову «руда». В славянских языках «руда» означала не только полезное ископаемое, но и красный цвет, ржавчину, а иногда и кровь. Поэтому прозвище Рудый давали человеку с рыжими волосами или румяным лицом. В украинском языке «рудий» — это именно «рыжий». Таким образом, предок Руденус, скорее всего, был рыжеволосым или имел яркий румянец. Фамилия Руденко (от которой могла произойти латинизированная форма) типична для центральной и восточной Украины, а её носители относились к казачеству или крестьянству.

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия образована от топонима, например, от названия местечка Рудня (селения, где добывали болотную руду и варили железо). В таком случае Руденус — это выходец из Рудни, чью фамилию «облагородили» латинским суффиксом при поступлении в семинарию.

Социальный контекст здесь проясняет многое. Если фамилия действительно семинарская, то её носители — потомки священнослужителей, получивших образование в духовных академиях. В XIX веке такие «искусственные» фамилии на -ус нередко давали детям, чтобы выделить их из крестьянской среды. Однако в отличие от массовых фамилий вроде Бенедиктов или Сперанский, Руденус встречается очень редко, что говорит либо о единичном акте создания, либо о сильной регионализации — например, в пределах одной епархии на Волыни или Подолье.

Географию бытования фамилии сегодня отследить трудно из-за её редкости, но логично искать носителей среди потомков выходцев из западнорусских земель, а также в диаспоре. Фамилия не имеет отношения к немецкому или прибалтийскому происхождению, несмотря на внешнее сходство с остзейскими фамилиями: латинский суффикс в России был инструментом именно православного духовенства.