Фамилия Ругоева — женская форма от Ругоев, и её происхождение напрямую связано с основой «руг-». В русских говорах слово «руг» или «руга» имело несколько значений, и каждое из них могло стать источником прозвища. Самое вероятное: «руга» — это плата натурой за труд, чаще всего хлебом или зерном. В церковной среде «руга» означала содержание причта: священники и причетники получали натуральное довольствие от прихода. Отсюда прозвище Руга могли дать или человеку, который собирал эту ругу, или тому, кто жил за счёт такой платы. Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «ругать» — в значении «бранить, шуметь», то есть прозвище могло отражать характер.

Суффикс -ев указывает на патронимическое происхождение: Ругоев — буквально «сын Ругоя». Форма Ругой, а не Руга, встречается в северных и сибирских говорах, где окончание -ой типично для прилагательных и прозвищ (сравните: Долгой, Худой). Фамилия редкая и географически привязана к Русскому Северу и Приуралью. В метрических книгах XIX века Ругоевы встречаются в Вологодской и Архангельской губерниях, а также среди старообрядцев Забайкалья — возможно, переселенцев с севера.

Словообразовательная модель проста, но нестандартна: основа «руг» + суффикс -ой (в мужском прозвище) + -ев. В отличие от более частых фамилий на -ов, здесь суффикс -ев присоединён к основе на -й, что выдаёт диалектную особенность. Сравните с однокоренными фамилиями Ругин, Ругов — они образованы по другой модели, через суффиксы -ин и -ов, что подтверждает локальный характер именно формы Ругоев.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, принадлежали к крестьянскому или церковному сословию. Прозвище Руга не было оскорбительным — оно указывало на род занятий или бытовую черту. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян с таким прозвищем в Двинском уезде, но массовой фамилия не стала. Сегодня Ругоева — редкая фамилия, сохранившаяся в основном на севере европейской России и в Сибири.