Фамилия Ругоев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, не славянский корень, а заимствование из прибалтийско-финских языков. Самая вероятная версия связывает её с карельским или финским словом «rugo» (или «ruko»), что означает «ручей», «ложбина», «овраг». В таком случае прозвище Ругой мог получить человек, живший у оврага или у ручья. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Ругоя» или «из семьи Ругоя».

Менее убедительна гипотеза о связи с древнерусским диалектным «руг» — однокоренным к «ругать», «ругань». Прозвище Ругай могли дать сварливому, бранчливому человеку. Но для фамилии Ругоев эта версия слабее: в русской ономастике гораздо чаще встречаются фамилии на -аев (Ругаев), а форма с -оев характерна для финно-угорского субстрата, особенно на Русском Севере и в Карелии.

География фамилии подтверждает северное происхождение. Основная масса носителей Ругоевых — из Карелии, Мурманской и Архангельской областей. В XIX веке фамилия фиксировалась среди карелов и вепсов, что делает её типичным примером адаптации местного прозвища к русской модели фамилии с суффиксом -ев. По сословному составу предки Ругоевых — скорее всего, государственные крестьяне или мещане, редко дворяне.

В ономастических словарях фамилия не получила широкого разбора, но исследователи карельских фамилий (например, работы И. И. Муллонен) отмечают, что подобные топонимические прозвища — один из самых распространённых типов в регионе. Так что Ругоев — это не про характер, а про место: дом на берегу лесного ручья, который и дал имя роду.