Фамилия Ругаев образована от прозвища Ругай. По одной из версий, оно ведет свое начало от нарицательного «руга» - «земля, переданная обществом церкви или духовному лицу на ее содержание»; «на Руси в 9-16 вв. - государственное жалованье духовенству, выдававшееся хлебом, иногда деньгами». Вероятно, такое прозвище мог получить духовник или священник, получавший ругу. Кроме того, ругой в сибирских говорах называли холщовую одежду для бедняков. В таком случае, прозвище Ругай либо указывало на социальное положение предка, либо на род его деятельности — он мог быть портным или торговцем. Согласно еще одной гипотезе, основой для прозвища послужил глагол «ругать» - «порицать, бранить, журить». Согласно этому, Ругаем могли прозвать вспыльчивого, требовательного к другим человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ругай, со временем получил фамилию Ругаев.