Фамилия Ругаин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Первое, что приходит в голову — связь с глаголом «ругать», но в русской ономастике это не самый вероятный путь. Намного убедительнее выглядит версия, что в основе лежит диалектное или старинное слово «руга» — так в северных и сибирских говорах называли плату натурой, долю, паёк, а также церковную землю или доходы причта. Отсюда «ругач» — человек, получающий ругу, то есть кормящийся от церкви, либо крестьянин, обрабатывающий церковную землю. Фамилия Ругаин образована по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин: Ругаин — сын Ругая. Исходное прозвище Ругай, скорее всего, обозначало того самого «ругача», человека, связанного с церковным наделом или сбором натуральной подати.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность к роду, где прозвище отца заканчивалось на -а/-я. Такая модель типична для центральных и северных регионов России. Форма «Ругаин» с ударением на последнем слоге (Ругаи́н) встречается в современных базах данных преимущественно у жителей Архангельской и Вологодской областей — как раз там, где слово «руга» было в ходу до XX века. Это косвенно подтверждает гипотезу о северном происхождении фамилии.

Менее вероятная, но допустимая версия — отчество от нецерковного имени Ругай, которое могли дать крикливому, бранчливому ребёнку. В древнерусской традиции такие имена-обереги давали, чтобы отвести зло: назвали Ругаем — будет тихим. Однако в словарях древнерусских имён (например, у С. Б. Веселовского) вариант Ругай не встречается, а однокоренные фамилии вроде Ругачев, Ругаткин фиксируются в основном в тех же северных регионах, где известно слово «руга».

Таким образом, предок носителя фамилии Ругаин с высокой долей вероятности жил на Русском Севере, возможно, был церковным работником или крестьянином, пользовавшимся церковной землёй. Фамилия сохранила в себе устаревшее хозяйственное понятие, что делает её ценной для локальной истории.