Фамилия Рухтаев — один из тех случаев, когда корень слова вызывает у исследователей больше споров, чем суффикс. Модель образования здесь прозрачна: основа «Рухтай» плюс типичный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Рухтаев). Значит, в основе лежало личное имя или прозвище Рухтай.

Сложность в том, что имя Рухтай не фиксируется в православных святцах и не является прямым производным от крестильного имени. Самая вероятная версия выводит его из тюркских языков. В татарском, башкирском и казахском языках слово «рух» означает «дух», «душа», а также «сила» или «энергия». Аффикс -тай/-тей в тюркских именах — распространенный уменьшительно-ласкательный или усилительный суффикс (сравните с именами Алтай, Каратай, Арстай). Таким образом, Рухтай могло означать «одухотворенный», «сильный духом» или «живой, энергичный». Это вполне могло быть дохристианским личным именем у тюркских народов, а затем, после перехода в русскую среду, превратиться в фамилию.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с глаголом «рухнуть» (упасть, обвалиться). Для образования прозвища от действия обычно брали основу настоящего времени (например, «Рухлый» или «Рухля»), а форма «Рухтай» для этого нехарактерна. Скорее всего, это народное переосмысление непонятного тюркского корня.

Географически фамилия Рухтаев встречается в основном в Поволжье и на Урале — в регионах, где веками происходил тесный контакт русского и тюркского населения. Многие носители фамилии — русские, но встречаются и среди татар, башкир, чувашей. Это указывает на то, что предки Рухтаевых могли быть выходцами из тюркской среды, принявшими православие, или же русскими, перенявшими имя у соседей.

Сословно фамилия не элитарная. В документах XVI–XIX веков Рухтаевы чаще всего значатся среди крестьян, реже — среди мещан и однодворцев. Никаких громких дворянских родов с этой фамилией не известно, что подтверждает её «низовое» происхождение: от бытового прозвища или имени, данного в народе.