Фамилия Рухтуев — редкая с точки зрения прозрачной этимологии. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ев, указывающий на русскую модель образования отчества или прозвища. Основа «Рухтуй» не встречается в современных словарях личных имён, поэтому ключ к разгадке лежит в диалектной лексике или искажённом произношении.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с глаголом «рухнуть» или существительным «рухлядь». В северных и сибирских говорах «рухтуй» могли называть нечто ветхое, шаткое, а также нерасторопного или неряшливого человека. Прозвище Рухтуй мог получить тот, кто жил в разваливающейся избе, или обладатель слабого, «рухлядного» здоровья. Менее распространённая гипотеза возводит основу к тюркскому корню «рух» (дух, душа) с добавлением тюркского суффикса -туй, что могло означать «одухотворённый», но для фамилии, оканчивающейся на -ев, это маловероятно — такие заимствования обычно давали фамилии на -ов.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу, где встречаются схожие по звучанию фамилии (Рухлов, Рухтин). В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с прозвищем Рухтой, что подтверждает бытовой, а не книжный характер происхождения. Сословно предки Рухтуевых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами — дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и гербовниках нет.

Особенность фамилии — её фонетическая устойчивость. В отличие от многих «говорящих» фамилий (Кузнецов, Плотников), Рухтуев не описывает профессию, а даёт характеристику через бытовое наблюдение. Это типичный случай, когда прозвище закрепилось за родом, хотя его первоначальный смысл со временем стёрся.