Фамилия Рукояткина образована от прозвища Рукоятка. В основе лежит слово «рукоятка» — часть орудия или инструмента, за которую держатся рукой. Прозвище могли дать человеку с необычной формой руки, например с крупной кистью, или мастеру, который делал рукоятки для ножей, топоров, инструментов. Второе объяснение логичнее: в ремесленной среде прозвища часто связывали с продуктом труда или его деталью. Рукояткой могли назвать и плотного, коренастого человека — по ассоциации с прочной, удобной рукоятью.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Рукояткин, то есть сын или потомок Рукоятки. Окончание -а в женском варианте Рукояткина — грамматическая форма, не связанная с происхождением. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где суффикс -ин преобладал над -ов.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов через «а» или «о» в корне, что говорит о прозрачной этимологии. В отличие от фамилий, восходящих к забытым диалектным словам, Рукояткина не вызывает споров: корень ясен, значение бытовое. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Рукоятка не было массовым — его давали по конкретному признаку, а не по профессии, как Кузнецов или Мельников.

Встречается фамилия в основном в Поволжье и на Урале, где в XIX веке были развиты кустарные промыслы по изготовлению ножей, топоров, сельскохозяйственных орудий. Предки носителей фамилии, скорее всего, были ремесленниками или крестьянами, владевшими столярным или слесарным делом.