Фамилия Рунцева — женская форма, а мужская — Рунцев. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Рун(ец), от которого с помощью патронимического суффикса -ев образовали фамилию. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «ц». Это типичная модель для русских фамилий, возникших из прозвищ.

Прямое значение слова «рунец» в русских говорах неоднозначно. В северных и сибирских диалектах «рунец» — это годовалый баран или ягнёнок, только начинающий линять (от «руно» — шерсть). Прозвище Рунец могли дать за внешнее сходство — кудрявый, с густыми волосами, или за характер — упрямый, «баран». Вторая версия отсылает к глаголу «рунить» — бранить, поносить, а также «рун» могло быть вариантом слова «ругань». Тогда Рунец — человек сварливый, склонный к перебранкам.

Возможна и менее очевидная связь с географическими названиями. В Белоруссии и на западе России встречаются топонимы Рунцы, Рунцево. В таком случае фамилия могла указывать на выходца из конкретной деревни: «Рунцев» — «сын того, кто из Рунцов». Однако эта версия менее вероятна, так как фамилии на -ев от топонимов чаще образуются через прилагательное (Рунцовский, а не Рунцев), хотя исключения бывают.

Сословного барьера у фамилии не было. Рунцевы встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в купечестве. Например, в документах XIX века упоминаются мещане Рунцевы в Твери и крестьяне Рунцевы в Вологодской губернии — что как раз подтверждает диалектную северную природу прозвища. В написании фамилии встречается путаница: иногда её путают с Румянцевой или пишут через «а» — Ранцева, но это уже другая этимология (от «ранец» — сумка).