Фамилия Рунышков — редкий случай, где разбор начинается не с корня, а с суффикса. Формант -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — сын Рунышка. Но само прозвище Рунышко звучит непривычно. В нём угадывается уменьшительно-ласкательный суффикс -ышк-, который в русских фамилиях встречается нечасто (сравните: Голышков, Малышков). Основа же, скорее всего, восходит к слову «руна». В древнерусском языке «руна» означала не только скандинавские письмена, но и «шерсть» или «руно» — состриженную овечью шерсть. Прозвище Рунышко могли дать человеку с мягкими, курчавыми волосами, похожими на руно, либо тому, кто занимался обработкой шерсти. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным глаголом «рунить» — «кричать, реветь» (о животных или о человеке). Тогда Рунышко — это прозвище крикливого, шумного человека. Географически фамилия тяготеет к северо-западным областям России: Псковская, Новгородская, Вологодская губернии — там, где традиционно развивалось овцеводство и сохранялись архаичные говоры. В дореволюционных метрических книгах встречаются единичные записи о крестьянах Рунышковых из Олонецкой губернии. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская: суффикс -ышк- в прозвищах характерен для простонародной среды, а не для дворянства. Поскольку фамилия очень редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы — потомков одного человека по прозвищу Рунышко.