Фамилия Рупета — редкая и звучит не по-русски. Её происхождение почти наверняка неславянское, и главная загадка здесь — не суффикс, а корень. В русской антропонимии фамилии на -ета встречаются крайне редко и обычно указывают на иноязычную основу: либо итальянскую (суффикс -etta), либо греческую, либо западнославянскую (чешскую или польскую, где -eta — уменьшительный суффикс).

Скорее всего, фамилия Рупета имеет греческие корни. В греческом языке существует слово «ρούπι» (рупи) — так называли мелкую серебряную монету, а также переносно — «чешуйка», «крупинка». От него легко образуется уменьшительная форма «ρουπέτα» (рупета) — «монетка», «денежка». Прозвище Рупета могли дать человеку, который имел дело с деньгами: меняле, ростовщику, казначею или просто бережливому, прижимистому хозяину. В пользу греческой версии говорит и то, что на юге России, в Причерноморье и в Крыму, где исторически жили греческие общины, такие фамилии не редкость.

Менее вероятна, но возможна связь с румынским или молдавским словом «rup» — «рвать», «ломать». В этом случае прозвище Рупета могло относиться к человеку резкому, грубому или, наоборот, к тому, кто занимался ломкой камня, добычей известняка. Однако в румынском суффикс -eta не столь типичен для фамилий, как в греческом.

Поскольку фамилия Рупета не имеет русского суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский), она закрепилась в документах в исходной форме. Носители такой фамилии — это, скорее всего, потомки греческих переселенцев, которые оказались в Российской империи в XVIII–XIX веках. Встретить Рупету можно в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Греции и среди греческой диаспоры. В русской среде фамилия не склоняется, если принадлежит женщине, и склоняется по обычным правилам, если речь о мужчине.