Фамилия Рупека — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль: перед нами не исконно русская фамилия, а скорее всего, адаптированная иноязычная. Самая вероятная версия — западнославянские или балтийские корни.

Разберём основу. Если отбросить окончание -а (характерное для фамилий в польском, чешском, украинском и белорусском языках), остаётся корень «Рупе-». Он может восходить к польскому или чешскому слову «rupieć» — «гнить», «тлеть», или к «rupa» — «яма», «впадина», «рубец». В этом случае прозвище Рупека могли дать человеку, жившему в низине, у оврага, либо, что менее приятно, неряшливому или болезненному. Вторая версия, более правдоподобная для фамилии, а не прозвища, — от литовского «rupūžė» (жаба) или латышского «rupulis» (грубый, шероховатый). В балтийской ономастике такие прозвища не были редкостью и часто становились фамилиями без изменений.

Суффикс -ек- в фамилии Рупека — не русский уменьшительный, а скорее западнославянский вариант оформления. В польском языке фамилии на -ek (типа Рупек) очень распространены, а окончание -а могло появиться при русификации или под влиянием украинского языка. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть поляком, белорусом или литовцем, которого в документах записали на русский лад.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи. В современных базах данных Рупека встречается единично, в основном на западе Украины, в Беларуси и в Латвии. Это подтверждает версию о том, что фамилия не вышла за пределы своего ареала и не стала массовой. Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским — фамилии такого типа редко носили дворяне.

В русском языке фамилия склоняется как существительное первого склонения: Рупеки, Рупеке, Рупеку. Ударение, по аналогии с польскими фамилиями, падает на второй слог — Рупе́ка.