Фамилия Рупеко — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. В русском языке нет корня «руп-» с прозрачным значением, которое могло бы лечь в основу прозвища или имени. Нет и продуктивных суффиксов, типичных для русских фамилий: -ов, -ин, -ский. Окончание -ко сразу указывает на украинское или белорусское происхождение, но и там основа «Руп» не встречается ни в ремёслах, ни в бытовых прозвищах.

Самое правдоподобное объяснение — фамилия восходит к топониму Рупейка или Рупейки. Такие названия есть в Литве и на границе с Беларусью. В основе лежит литовское rupus — «грубый, шероховатый», либо rupė — «каменистая почва, щебень». В таком случае прозвище Рупеко означало не человека, а его родовое гнездо: «тот, кто из Рупеек». Переход от названия деревни к фамилии через суффикс -ко типичен для западных регионов бывшей Речи Посполитой.

Менее вероятна, но допустима версия от польского rupieć — «гнить, плесневеть» или от rup — «шум, гам». В таком случае Рупеко могло быть прозвищем неопрятного или, наоборот, шумного человека. Однако ни в одном из доступных ономастических словарей (ни у Унбегауна, ни у Никонова) эта фамилия не упоминается, что подтверждает её локальный характер.

По сословной принадлежности носители Рупеко, скорее всего, были крестьянами или мещанами из западных губерний Российской империи — Виленской, Ковенской или Гродненской. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет. В советское время фамилия встречается единично и по-прежнему держится в основном в Беларуси и прилегающих областях России.