Фамилия Рупер — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности, что делает разбор особенно интересным. В русском контексте она почти наверняка не исконная, а пришлая: её основа не соответствует ни одной из традиционных славянских словообразовательных моделей. Суффикс -ер, нехарактерный для русских фамилий, указывает на немецкое или, реже, французское влияние.

Наиболее вероятная версия — немецкая. В немецком языке Рупер (Rupper) — это вариант фамилии Рупперт (Ruppert), которая восходит к древневерхненемецкому имени Hrodebert (сложенное из «hrod» — слава и «beraht» — яркий, блистательный). Со временем имя трансформировалось в Роберт, а его народные, разговорные формы (Rupp, Rupper) закрепились как фамилии. Таким образом, носитель фамилии Рупер — потомок человека по имени Роберт (или его немецкого аналога), но в той ветви рода, где имя произносили сокращённо, «по-простому». Географически фамилия Rupper чаще всего встречается на юго-западе Германии, в землях Баден-Вюртемберг и Бавария.

Второй, менее распространённый вариант, — французский. В этом случае фамилия могла возникнуть от старофранцузского слова «ruper», обозначавшего разбойника или грабителя (от лат. «rumpere» — разрывать, нарушать). Такие «говорящие» фамилии-прозвища были типичны для средневековой Франции, но ввиду общего значения эта версия менее правдоподобна как основа для наследственного родового имени: прозвище «Грабитель» скорее могло закрепиться за конкретным человеком, но вряд ли перешло бы в фамилию для потомков.

В России фамилия Рупер, скорее всего, появилась вместе с немцами-колонистами, приглашёнными Екатериной II в XVIII веке, или позже, в ходе индустриализации, когда немецкие специалисты приезжали работать на заводы. Встречается она преимущественно в городах Поволжья, на Урале и в Санкт-Петербурге. Важно не путать её с фамилией Руппер, где двойная «п» — это уже другая, более редкая ветвь того же корня.