Фамилия Саакиян — армянская по происхождению, и это видно сразу по её финалу. Типичный армянский патронимический суффикс -ян (в дореволюционной орфографии часто -янц) означает «из рода» или «принадлежащий». Основа Саак — это армянская форма библейского имени Исаак. В армянской традиции имя Սահակ (Саак) носил, в частности, один из создателей армянского алфавита, Месроп Маштоц, и католикос Саак Партев, что делает имя широко распространённым и почитаемым. Таким образом, Саакиян буквально означает «потомок Саака».

В отличие от русских фамилий, где суффикс -ов/-ев указывает на отца (Иванов — сын Ивана), армянская модель -ян не меняется в зависимости от ударения или окончания основы. Поэтому фамилия Саакиян — это прямой ответ на вопрос «чей ты?»: из рода Саака. Важно заметить, что в самой Армении фамилия может писаться и как Саакян (с одной «и»), но форма Саакиян с удвоенной гласной встречается в диаспоре, особенно у потомков армян, переселившихся на юг России, в Краснодарский край или Ростовскую область, где произношение закрепилось с более отчётливым звучанием корня.

Из-за того, что имя Саак было очень популярно, фамилия Саакиян — одна из частых армянских фамилий, и её носители не принадлежали к какому-то одному сословию. Среди предков могли быть и крестьяне, и ремесленники, и священники. Единственная деталь, отличающая её от более простой формы Саакян, — это возможная русификация или запись в документах через «и» для сохранения произношения, что типично для армянских фамилий, записанных в XIX веке в Российской империи чиновниками, не знакомыми с армянской фонетикой.