Фамилия Саенян — одна из тех, где внешняя простота обманчива. С первого взгляда кажется, что перед нами типичная армянская фамилия с суффиксом -ян, но её основа заставляет задуматься. Дело в том, что в армянском языке нет распространённого слова «саен» или «саян» с очевидным значением. Поэтому корень фамилии, скорее всего, не армянский, а заимствованный или адаптированный.

Самая вероятная версия связывает Саенян с русской фамилией Саенко или Саенков. В XIX — начале XX века, когда происходила массовая русификация фамилий на окраинах империи, многие украинские, белорусские и южнорусские фамилии на -енко получали армянское оформление. Переселенцы, оказавшиеся в армянской среде, могли превратить Саенко в Саенян, подстроив окончание под местную норму. В таком случае основа «Саен» — это производная от имени Сава (Савва) или Савелий через уменьшительную форму Саеня. То есть предок носителя фамилии был Саеней — сыном или внуком Саввы.

Менее распространённая, но не исключённая гипотеза — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках «саян» означает «сокол» или «ястреб», а также встречается как личное имя. Армяне, долгое время жившие в соседстве с тюркскими народами, могли перенять это прозвище. Тогда Саенян — «потомок Саяна», то есть человека, которого прозвали соколом за зоркость или быстроту.

Географически фамилия Саенян встречается в основном на юге России и в Закавказье, особенно в Краснодарском крае, Ростовской области и в Армении. Это подтверждает версию о переселенческом характере: носители фамилии жили в зоне этнического контакта, где границы между культурами стирались, а фамилии меняли форму.

Что касается суффикса, то -ян здесь выполняет чисто патронимическую функцию — «принадлежащий роду такого-то». Это стандартная армянская модель, которая в данном случае наложилась на иноязычную основу. Споров о значении фамилии почти нет: большинство исследователей сходится на том, что это русифицированное или тюркское имя, переделанное в армянский патроним.