Фамилия Саенко восходит, вероятно, к мужскому крестильному имени Исайя (в переводе с древнегреческого – «спасение Господне»). Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе фамилии Саенко лежит прозвище из нарицательного «сайка» - «белый хлеб крутого замеса». Фамилия Саенко образована от имени Сая, которое является производной формой имени Исайя. Оно в переводе с древнееврейского языка означает «спасение Господне». Это имя принадлежало жившему в IX веке до нашей эры древнееврейскому пророку Исайе. Он был ревностным поборником религии Яхве и обличал идолопоклонство. Авторству Исайи принадлежат 1-33 и 36-39 глав книги Ветхого Завета. Таким образом, потомок человека, которого звали Сая, со временем получил фамилию Саенко. Так, в Книге памяти Омской области упоминаются Михаил Корнилович Саенко, родившийся в 1895 году в селе Залиманье Изюминского уезда Харьковской губернии, Никифор Федорович Саенко, родившийся в 1913 году в деревне Сорочино Калачинского уезда Омской губернии. В Книге памяти Алтайского края можно найти информацию о Никифоре Лукиче Саенко, родившемся в 1894 году в Курской губернии. Среде известных однофамильцев можно назвать российского футболиста Ивана Ивановича Саенко.