Фамилия Саенков — это классический пример русской фамилии, образованной от имени собственного. В её основе, скорее всего, лежит мужское крестильное имя Исайя, которое в переводе с древнегреческого означает «спасение Господне». В обиходе это имя часто сокращали до просторечных форм Сая или Саян, а уже от них пошли уменьшительные варианты. Фамилия Саенков — это форма, указывающая на принадлежность потомку человека по имени Сая: буквально «сын Саи».

Словообразовательная модель здесь типична для восточнославянской традиции XVII–XIX веков, когда от народных форм церковных имён через суффикс -енк- (уменьшительно-ласкательный) и далее через притяжательный суффикс -ов строили фамилии. Такой путь прошли и другие однокоренные фамилии: Саенко, Саенков, Саевич, Саенко. Все они восходят к одному корню, но закрепились в разных регионах: форма на -енко чаще встречается на Украине и юге России, а вот Саенковы — уже чисто русская, «окающая» версия, которая осела в центральных и северных областях.

Существует и вторая, менее правдоподобная версия, которую иногда упоминают в народных этимологиях. Согласно ей, фамилия могла произойти от нарицательного «сайка» — так называли белый хлеб крутого замеса. В этом случае прозвище Сая могли дать булочнику или человеку с круглым, «пышным» лицом. Но эта гипотеза слабая: слишком много фамилий на -енков образовано именно от личных имён, а прозвища от названий хлеба в русской ономастике встречаются редко и обычно дают другие суффиксы, например Сайкин. Поэтому версия с именем Исайя выглядит убедительнее.

Интересно, что фамилия Саенковы не имеет отношения к дворянским родам — она бытовала в основном среди крестьян, мещан и казачества. Написание с буквой «е» в корне закрепилось сравнительно поздно, в XIX веке, когда фамилии фиксировали в метрических книгах. В более ранних документах можно встретить варианты Саянков или Саенков с двойным «н», что отражает живую речь и неграмотность писарей.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и каждая ветвь рода Саенковых складывалась независимо. Но сам факт, что фамилия сохранилась и не исчезла, говорит о том, что её носители были людьми оседлыми, крепко держались за свою землю и передавали родовое имя из поколения в поколение.