Фамилия Саенков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Саенков послужило церковное имя Исайя. Фамилия Саенков восходит, вероятно, к мужскому крестильному имени Исайя (в переводе с древнегреческого – «спасение Господне»). Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе фамилии Саенков лежит прозвище из нарицательного «сайка» - «белый хлеб крутого замеса». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сая, со временем получил фамилию Саенков. О точном месте и времени возникновения фамилии Саенков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Саенков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.