Фамилия Саенков восходит, вероятно, к мужскому крестильному имени Исайя (в переводе с древнегреческого – «спасение Господне»). Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе фамилии Саенков лежит прозвище из нарицательного «сайка» - «белый хлеб крутого замеса». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сая, со временем получил фамилию Саенков.