Фамилия Сафонтьев происходит от крестильного имени Софонтий, которое в переводе с древнееврейского означает «Бог защитил». В народной, бытовой среде это книжное имя часто произносили как Сафонтий — отсюда и форма фамилии с буквой «а» в корне. Потомки человека по имени Сафонтий со временем стали писаться Сафонтьевыми, и эта фамилия закрепилась за их родом.

Суффикс -ев указывает на типичную модель образования русских фамилий от основ, оканчивающихся на мягкий согласный. Имя Софонтий давало форму притяжательного прилагательного «Сафонтьев сын», которая затем и превратилась в фамилию. Это распространённый путь: так же возникли, например, Порфирьев, Дементьев, Арсентьев — все они связаны с календарными именами, которые в просторечии меняли своё звучание.

Само имя Софонтий имеет древние корни и восходит к библейскому Софонии, одному из ветхозаветных пророков. В церковной традиции это имя всегда оставалось редким, поэтому и фамилия Сафонтьев встречается заметно реже, чем, скажем, Иванов или Петров. Она не получила широкого распространения по всей России, а бытовала преимущественно в центральных и северных губерниях, где приходские священники чаще использовали полные календарные формы имён.

В написании фамилии возможны колебания: встречается вариант Софонтьев, который точнее отражает церковнославянскую норму, и более русифицированный Сафонтьев. Оба варианта имеют право на существование, но именно форма с «а» закрепилась в документах большинства носителей. Это характерный пример того, как живая речь влияла на официальную фиксацию фамилий в XVIII–XIX веках, когда окончательно оформлялись русские родовые прозвания.

Носители фамилии Сафонтьев — потомки людей, носивших имя с сильным религиозным значением. В старину имя Софонтий давали при крещении, веря, что оно защитит ребёнка от бед и напастей. Сегодня фамилия сохраняет память об этом древнем имени, хотя самих Софонтиев среди нас уже почти не встретишь.